MOIL(免费分子模型建模软件),免费三维(wéi)分子(zǐ)模型建(jiàn)模软件。
MOIL(免费分(fèn)子模型建(jiàn)模软(ruǎn)件)是一款功能强大的,易于使用的(de) FBLD(Fragment Based Lead Discovery 基于分(fèn)子片(piàn)段的药物研究)与 SBDD(structure-baseddrugdesign,基于结(jié)构的药物设计)平台。
1、能量最小计算:能量(liàng)最(zuì)小化计算考(kǎo)察分子的稳定结构,或通过(guò)软(ruǎn)件提供的MOPAC、Jaguar, GANESS及Gaussian的接口,进(jìn)行从头(tóu)计算或半(bàn)经(jīng)验计算,甚(shèn)至NMR,IR或Raman光(guāng)谱的预测(cè),其中MM2-对(duì)分子进行初步的能量最小(xiǎo)化计算,MOPAC-半经验算法, MMFF94-12.0版本新增(zēng)加力场(chǎng),而GAMESS、 Jaguar好(hǎo)Gaussian-从头计算。
2、ChemBio3D能够计算分(fèn)子更多的物化性(xìng)质,以平面进行旋转,计算能量最小构(gòu)造(zào),以下图为例,图A是最低能量构造侧视图,图B是最低能量构(gòu)造俯视图,图C是分子所在两个平面的夹角对能(néng)量的影响。
三种能量最(zuì)小构造
3、物化性质计算:ChemBio3D可(kě)计算分子更多(duō)的物化性(xìng)质。ChemProp Pro包括固有变量计(jì)算,如沸点、临界压力、温度和体积、亨利定律常(cháng)数、熔点(diǎn)、蒸汽压和水溶性(xìng)等。ChemPro Std包(bāo)括形式电荷、几个Connolly变量、准确质量、椭圆度等。CLogP Driver能够(gòu)计算提(tí)供摩尔折射率和分配系数(shù),支持(chí)GAMESS程序接口、Jaguar程序接口、MOPAC程(chéng)序接口。另外,Molecular Topology可用于测量(liàng)分子拓扑学的诸多(duō)方面,包括Balaban指数、Cluster Count、一些旋转键、形状系数、拓扑直径和其(qí)它(tā)参(cān)数等。
1、该分子模型软(ruǎn)件支(zhī)持生成分子坐标(biāo)(PDB格式);
2、支持设定电子密度(dù);
2、支持MSMS表面数据;
3、支持apbs静电(diàn)势(shì)图。
