Cartes分子和晶体结构坐标编辑(jí)器(qì)下载(zǎi),象Chem3D这样专业的软件目前尚(shàng)没有自动识(shí)别点群的功能,而GaussView的(de)3.07以来的版本已(yǐ)经增加了此项功能,但是其(qí)准确程度令(lìng)人担忧(yōu)。似乎GaussView倾向(xiàng)于低估(gū)分子的对(duì)称性,例如它往往无(wú)法判断出高于6重(chóng)轴的对称性,如碳管(7,7),GaussView给出的点群是C2h,而实际是(shì)D7d;又比如碳管(5,5),它认为其点群是C5,而实际是D5d。
(1)晶(jīng)体的分数坐(zuò)标转化(huà)成直角坐标。
(2)晶体的直(zhí)角(jiǎo)坐标转化成分数坐标。
(3)生成向a,b,c三个方向堆(duī)积(jī)i,j,k个(gè)晶胞的全部分数(shù)坐标或直(zhí)角坐标。
(4)生成按照给定对称性(xìng)关(guān)系得出的所有相(xiàng)关原子的分数坐标或直角坐标(biāo)。
(5)按照(zhào)指定需要任意平移、旋转、反映(yìng)或反演当前的坐标(biāo)。
(6)将一组坐标的中心平移到(dào)原点。
(7)判(pàn)断分子(zǐ)的点群。
自动识别点群:象(xiàng)Chem3D这样专业的软件(jiàn)目前尚(shàng)没(méi)有自动识别点群的功能,而GaussView的3.07以来的版本已经增加了此项功能,但是(shì)其准确程度令人担(dān)忧(yōu)。似乎(hū)GaussView倾(qīng)向于低估分(fèn)子的对称(chēng)性,例如它往往(wǎng)无法判(pàn)断出高于(yú)6重轴的对(duì)称性(xìng),如碳管(7,7),GaussView给出的点群是C2h,而实际是D7d;又(yòu)比如碳管(5,5),它认为其点群是(shì)C5,而实际(jì)是D5d。
可见自己动(dòng)手写一个自动识别点群的(de)程序(xù)是很(hěn)具有挑战性的,于是我就写了这样的程序,现在正好把(bǎ)它(tā)集成到Cartes软件里来了(le)。
关于对(duì)Cartes-分子和晶体结构(gòu)坐标编(biān)辑器(qì)称操作的使(shǐ)用
当(dāng)选择“对称(chēng)操作(zuò)”后,会(huì)弹出(chū)一个输入对称性操作(zuò)矩阵的(de)面板,对称性(xìng)操作矩(jǔ)阵的格式和意义(yì)如(rú)下:
每(měi)一个(gè)对称性相关矩阵必须以%(表示该对称性相关矩阵(zhèn)对分数坐(zuò)标进行操作,其平移量采用分数坐标的单位)或#(表示(shì)该
对称性相关(guān)矩阵对(duì)直角坐标进行操作,其平移量采用(yòng)以埃为单位)开头,换行或空(kōng)格后,就输入对称性相关矩阵,格式为(wéi):
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2
p31 p32 p33 t3
其中(zhōng)t1,t2,t3的单(dān)位由标识符‘%’和‘#’指明(含义见上),对于同一个输入文(wén)件‘%’和‘#’可以混合(hé)使用。

