免费(fèi)核酸序列(liè)分析工(gōng)具Seqool是一种免费(用于教育用途(tú))序列分析软件,主要用于在核酸(suān)序列中搜索生物信号。序列分(fèn)析程序包提供(gòng)了(le)几种模(mó)式识别模型,但它还包括(kuò)最常见的序列分析(xī)统计,如GC含(hán)量(liàng)、密码子使(shǐ)用等。
1、使用Entrez或SRS信(xìn)息查(chá)询系统检索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显子和5’调控区 (promoter) 等核酸序列,连接提(tí)取该序列内容(róng),阅读序列格式(shì)的(de)解释,理(lǐ)解其含义;
2、使用BioEdit软件对上述核酸序列(liè)进行(háng)分子质量、碱(jiǎn)基组成、碱基分布、序(xù)列变换以及限制性酶切分析等基本分析,并从BioEdit软件的“help”栏了解该(gāi)软件的其它功能;
3、使用(yòng)BioEdit软件对人瘦素 (leptin) 的mRNA序列进行可读框(kuàng)架分析;
4、使用NCBI查询系统进(jìn)行人瘦(shòu)素 (leptin) 的基因组序列分析和基因的电子表达谱(pǔ)分析;
5、使(shǐ)用Blast2进(jìn)行人(rén)瘦素 (leptin) mRNA序(xù)列与其外显子或基因组序列(liè)的比对分析。
1、调用Internet浏览器,并在其(qí)地址栏输入Entrez网址(zhǐ):http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez;
2、在(zài)Search后的(de)选(xuǎn)择(zé)栏中选(xuǎn)择nucleotide;
3、在(zài)输入栏输入homo sapiens leptin;
4、点击(jī)go后显示序列接受号及序列名称等(děng);
5、查找人leptin (obesity homolog, mouse) mRNA序列(提示:NM_000230),点击序列接受号后(hòu)显示序列(liè)详细信息;
6、将序(xù)列转为FASTA格式保存(cún)
7、根据从NM_000230了(le)解的基因定位信息查(chá)找人瘦素的基因组DNA (Contig) 的序列接受号(hào)及序列识别号,点(diǎn)击(jī)序(xù)列接受号显示序列详细信息;
8、在输(shū)入栏输入(rù)homo sapiens leptin exon查找人(rén)瘦素外显(xiǎn)子序列;
9、在输入栏输入homo sapiens leptin promoter查(chá)找人瘦素5’调控(kòng)区序列;
10、按上述步(bù)骤用SRS信(xìn)息查(chá)询系(xì)统检索人瘦(shòu)素 (leptin) 的mRNA、基因组(zǔ)DNA、外显子和5’调控区 (promoter) 等核酸(suān)序(xù)列;
11、将上(shàng)述(shù)核酸序列输入BioEdit和DNAClub软件进(jìn)行(háng)序(xù)列基本分析;
12、打开BioEdit软件,点击“help”栏(lán),阅读“contents”;
13、将人瘦(shòu)素 (leptin) 的mRNA序(xù)列(liè)输(shū)入BioEdit软件(jiàn)进(jìn)行可读框(kuàng)架(jià)分(fèn)析:打开(kāi)BioEdit软件→将人瘦素(sù) (leptin) mRNA的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的(de)序列说明→点击sequence栏→选择(zé)nucleic acid→点击find next ORF→查看起始密码位置和(hé)编码区范围(57→557);
14、参照(zhào)教材使用NCBI查询系(xì)统(tǒng)进行人瘦(shòu)素 (leptin) 的基因组(zǔ)序列(liè)分析和基因的电子表(biǎo)达谱(pǔ)分析;
15、人(rén)瘦素(sù) (leptin) mRNA序(xù)列与其外显子或(huò)基因组序列的比对分析:调用Internet浏览器并在其地址栏输入Blast2网(wǎng)址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrezgorf/bl2/html) →将人瘦素 (leptin) mRNA和外显子的FASTA格式序列分别输入sequence2和sequence1分(fèn)析(xī)框或将人瘦素 (leptin) mRNA和基因(yīn)组序列的GI版(bǎn)本(běn)号输入sequence2和sequence1的GI版本号框→点击Align后显示两序列(liè)比对的详(xiáng)细信息→查(chá)找mRNA序列上各外显子的(de)位置。
核酸是由许多核苷酸聚合成(chéng)的生物大分子化合物,为生命的最基本物质之一。核酸广泛存(cún)在(zài)于所有动(dòng)物、植物细胞、微(wēi)生物(wù)内、生物体内核酸(suān)常(cháng)与蛋白质结合形成核蛋(dàn)白。不(bú)同的核酸,其化学组成、核苷(gān)酸排(pái)列顺序等不同。根据化学(xué)组成(chéng)不同,核酸可分为核糖核酸,简称RNA和脱氧核糖核酸,简称DNA。
