TreeGraph(编辑系统发育（yù）树软件)是一个方便，易于使用的图形编辑器，专为设计（jì）的进化树（shù），让你应用大（dà）量的图形格式到（dào）你的树中的元素。它支持多种（有形或无形（xíng））的每个分支或（huò）节（jiē）点的说明（míng）（如（rú）支（zhī）持的值）。这些注释（shì）可以导（dǎo）入从（cóng）Nexus树中的文件或文（wén）本文件，其中包含表中的数据（例如，从一个电子表格（gé）程序（xù）导出（chū））。清（qīng）风（fēng）网络（luò）提示: 该软（ruǎn）件要求您的（de）电（diàn）脑（nǎo）要装有Java环境（进入下载jre.Java环境（jìng））才（cái）能正常使用。
蛋白质（zhì）序列，蛋白质（zhì）结构等来（lái）构建系统（tǒng）发育树（shù），或者通过蛋白质结（jié）构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构（gòu）进化树。
•系（xì）统发育树主要是它的拓扑结（jié）构和分支长度。
•根据拓扑结构（gòu）的不同系统发（fā）育树（shù）可（kě）以分（fèn）为有（yǒu）根（gēn）树和无（wú）根树（shù）。
有根树有一（yī）个根节点，代（dài）表（biǎo）所有其它节点的共同祖先，从根（gēn）节点只有唯一路径经进化到达其（qí）他任何节点；
无根（gēn）树只表明（míng）了节点之间（jiān）的关系（xì），没有进化方向，但是通（tōng）过引入外群（outgroup）或（huò）外部参考（kǎo）物种可以在无（wú）根树（shù）中指（zhǐ）派根节点。
1. 使用（yòng）MEGA6根据细菌的16s rRNA基因或（huò）者真（zhēn）菌（jun1）的18s rRNA基因的构（gòu）建方法
为何要建（jiàn）系统发（fā）育树？就是要把你的目的微生物（wù）与其它微生物间（jiān）的亲缘关系（xì），用系统发育树直观的表示出来。下面是具体的（de）步骤：
首先准备（bèi）你将要建树（shù）的序列，可以将你的序列在NCBI上进行Blast查找出相近的序列，下载下（xià）来，可以都（dōu）放到（dào）一个Text文件中（都是fasta格式）。（以（yǐ）下是具体步（bù）骤，黑体为（wéi）软（ruǎn）件选（xuǎn）项）
打开（kāi）MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是蛋白质则选择（zé）Protein）（这就（jiù）打开了一个序列（liè）比对的（de）新窗（chuāng）口）——Edit——Insert sequence from file（选择你已经存储序列的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（参数不需多改，直接点击OK）——等（děng）待比对（duì）（比（bǐ）对结（jié）果相同的碱基（jī）会在同（tóng）一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然（rán）后就可以（yǐ）回到主（zhǔ）界面进行（háng）系（xì）统发（fā）育树的构建）——Phylogeny（可以（yǐ）选择构建树的方（fāng）法，一（yī）般是邻接法neighbor-joining和（hé）最大简约法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（这（zhè）里选择构（gòu）建邻（lín）接树（shù），会出（chū）现一个窗口）——在Test of phylogeny 选择Bootstrap method 并设定其值为1000——compute——这样树就建好了，在树的生成（chéng）界面可（kě）以对其形状大小等进行调节。
生物（wù）系（xì）统发育树的图形化显示（shì）软件着重研究系统（tǒng）发育树（进化树）的描述（shù）方法（fǎ）、进化树表示的Newick格式（shì）（一种嵌套结构（gòu）的文本（běn））、运用栈的数（shù）据结构与算法（fǎ）于自动（dòng）解析文本描述的进化树拓扑结构（gòu）、以（yǐ）及进（jìn）化（huà）树（shù）的图形编程实（shí）现技术等。
