COCAS(染色质免疫沉淀基因芯片分（fèn）析)是一款教学软件（jiàn），染（rǎn）色质免疫沉淀基因芯片分（fèn）析ChIP-on-chip软件包（bāo）WindowsLinux (requires R 2.6.2 and Java 1.6)Mac OSX (requires R 2.6.2， Java 1.5 and X11) 。时下互联网常用的教育教学软（ruǎn）件之一，该软件纯（chún）绿色免费无毒，请（qǐng）放心（xīn）使用。
染色体免疫（yì）共沉淀（diàn）（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于体内分析发展起来的方（fāng）法，也称结合位点分析法，在过去十（shí）年已经成为表（biǎo）观遗传信息（xī）研究的主要方法。这项技术（shù）帮助研究者判（pàn）断在细胞核（hé）中基因（yīn）组的（de）某一特（tè）定位置会出现何种组蛋白修饰。ChIP不（bú）仅可以检测体内（nèi）反式（shì）因子与（yǔ）DNA的动态作（zuò）用，还可以用来研究组（zǔ）蛋白的（de）各种（zhǒng）共价修饰（shì）与基因表达的关系（xì）。近年来，这种技术得到不（bú）断的（de）发展（zhǎn）和完善。采用（yòng）结（jié）合（hé）微（wēi）阵列技（jì）术在染（rǎn）色体基因表达（dá）调（diào）控（kòng）区域检查染色体（tǐ）活性，是深（shēn）入分析癌症（zhèng）、心血（xuè）管疾病以及中央神经（jīng）系统紊乱等疾病的主要代谢（xiè）通路（lù）的一种（zhǒng）非常有效的工具。
它的原理是在保持（chí）组蛋白和DNA联合的同时，通过（guò）运用对应于一个特定组（zǔ）蛋白标记（jì）的生物抗体，染（rǎn）色质被切成（chéng）很小的片断，并沉淀下来。IP是利用抗原（yuán）蛋（dàn）白质（zhì）和（hé）抗体（tǐ）的特异性结合以及细菌蛋（dàn）白质的（de）“prorein A”特（tè）异性（xìng）地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活（huó）用（yòng）开发出来（lái）的方（fāng）法。目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的（de）beads上，使之（zhī）与（yǔ）含有（yǒu）抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达（dá）到（dào）精制的目的。实验最需要注意点就是抗体的性质。抗体（tǐ）不同（tóng）和抗原结合（hé）能力也（yě）不同，免染能结合未必能（néng）用在IP反（fǎn）应。建议仔细检查抗（kàng）体的说明书。特别是多抗（kàng）的特异性（xìng）是问题。其次，要注（zhù）意溶解抗原的缓冲（chōng）液的性质（zhì）。多数的抗原（yuán）是细胞构成的蛋白，特别饰淦髑架蛋白，缓冲液必须要使（shǐ）其溶解。为此，必须使用含有强（qiáng）界面活性剂的缓冲液，尽管它有可能影响一部（bù）分抗原（yuán）抗体的（de）结合。另一面，如（rú）用弱界面活性剂溶解细胞，就（jiù）不能充分溶解细（xì）胞蛋白（bái）。即便溶解也产生（shēng）与（yǔ）其它的蛋白结合的结果，抗原决定族被封（fēng）闭，影（yǐng）响与抗体（tǐ）的结合，即使IP成功，也是很多蛋白与抗体共沉的悲惨结果。再次，为防止蛋（dàn）白的分（fèn）解，修饰，溶解抗原的缓冲液必须（xū）加蛋（dàn）白酶（méi）抑制剂，低温下（xià）进（jìn）行实验。每次实验之前，首先考虑抗体（tǐ）/缓冲液的比例。抗体过少就不（bú）能检（jiǎn）出抗原，过多则就不（bú）能沉降（jiàng）在beads上，残（cán）存在上清。缓冲剂太少（shǎo）则（zé）不能溶解抗原，过多则抗原被稀释。
真核（hé）生物（wù）的（de）基因组DNA以染（rǎn）色质（zhì）的形式存（cún）在。因此，研究（jiū）蛋白质（zhì）与DNA在染色质环境下的相互作（zuò）用是阐（chǎn）明真核生物（wù）基因表（biǎo）达机制的基本途径。染色质（zhì）免疫沉淀技（jì）术（chromatin immunoprecipitation assay， CHIP）是目前唯一研（yán）究（jiū）体内DNA与蛋白质（zhì）相互作用的方法。它的基本原理（lǐ）是在活细胞状态下固定蛋白（bái）质－DNA复合物，并将（jiāng）其随机切断为一定长度范围内的染色质（zhì）小片（piàn）段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的（de）DNA片段，通过（guò）对目的片（piàn）断的纯化与检测，从而（ér）获得蛋白质与DNA相（xiàng）互作用的信息。CHIP不仅可以（yǐ）检测（cè）体内（nèi）反式（shì）因子与（yǔ）DNA的动态作用，还（hái）可（kě）以用（yòng）来研究（jiū）组（zǔ）蛋白的（de）各种共（gòng）价（jià）修饰与基因表（biǎo）达（dá）的关系。而且，CHIP与其他（tā）方法的结（jié）合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片（piàn）相结合建立的CHIP-on-chip方法已广（guǎng）泛用于（yú）特定反式因子靶基因的高通（tōng）量筛选；CHIP与体内足迹法（fǎ）相结合（hé），用于寻找反式因子的体内结（jié）合（hé）位点；RNA-CHIP用（yòng）于研究RNA在基因表达调（diào）控（kòng）中的作（zuò）用。由此可见，随（suí）着CHIP的进一步完善，它必将会在基因表达（dá）调（diào）控研（yán）究中（zhōng）发挥越来（lái）越重要的作用。
