RNA结构分析(FlexNovo)是模拟配体预测和停靠(kào)的活动站点上下文中的大片段FlexNovo 是一个简(jiǎn)单和容易使用的命令行实用(yòng)工(gōng)具,它使您能够轻松地分析结构图案和蛋白的 RNA。FlexNovo 基于 FlexX 技术,是(shì)一种(zhǒng)分(fèn)子的RNA结构分析实用程(chéng)序,使您能够查看的片段,演变以(yǐ)及化学配体的理(lǐ)化和(hé)几何属(shǔ)性。
它使(shǐ)您能够轻(qīng)松地分析结构图案(àn)和蛋白的 RNA。FlexNovo 基于(yú) FlexX 技术,是(shì)一(yī)种分子(zǐ)的RNA结构分析(xī)实用程序,使(shǐ)您能够查看的(de)片(piàn)段,演(yǎn)变以及化学配体的理化和几何属(shǔ)性(xìng)。
1、原始数据产出统计
2、过滤掉低质量reads后的数据统计
3、高级生(shēng)物信(xìn)息分析结果(guǒ)报告。
RNA结构分析(FlexNovo)是利用Trinity (Version: r2011-08-20) 进行de novo assembly, Trinity参数(shù):--min_kmer_cov 2 -- min_contig_length 100 --run_butterfly。拼接(jiē)后的转(zhuǎn)录本,通(tōng)过(guò)PERL脚本(běn)去(qù)冗余,在同一个component ID的序列中选择最长的一个isoform代表(biǎo)该locus的转录本(běn),得到Unigene集。
