MrEnt(系统发育树绘制（zhì）软件)，一个方便，易于使用的图形（xíng）编（biān）辑器，专（zhuān）为设计（jì）的进化树，让你应用大量的图形格（gé）式（shì）到你的树中的元素。此外，它支持多种（有形（xíng）或无形）的（de）每个分支或节点的说（shuō）明（如（rú）支持的值）。这（zhè）些注释可以导入从Nexus树中的文件或文本文件（jiàn），其中（zhōng）包含表（biǎo）中的（de）数据（例（lì）如，从一个电子表格程序导出）。清风网络（luò）提（tí）示: 该（gāi）软件（jiàn）要求您的电脑要装有Java环境（jìng）（进（jìn）入下载jre.Java环境）才能正（zhèng）常使用。
蛋白质（zhì）序列，蛋白质（zhì）结构等来构（gòu）建系统发育树，或者通过蛋白质结（jié）构（gòu）比（bǐ）较包括刚体结构叠合和（hé）多结构特征比较等（děng）方法建立结构（gòu）进（jìn）化树。
•系统发（fā）育（yù）树主（zhǔ）要是（shì）它的拓扑结构和分支（zhī）长度。
•根（gēn）据（jù）拓扑结构的（de）不（bú）同系（xì）统发育树可以分（fèn）为（wéi）有根（gēn）树和无根树。
有根树有一个根（gēn）节点，代表所有其它节点的共同祖先，从根节点只有（yǒu）唯一路径经（jīng）进化（huà）到（dào）达其他任何节点；
无根（gēn）树只（zhī）表明了节点之间的关系，没有进化方向，但是通过引入外群（qún）（outgroup）或外部参考物种可以在无根树中指派根节点。
1. 使用MEGA6根（gēn）据细菌的16s rRNA基因或者真菌（jun1）的（de）18s rRNA基因的构（gòu）建方（fāng）法
为何要建（jiàn）系统（tǒng）发育（yù）树（shù）？就是（shì）要把（bǎ）你的目的微生物与（yǔ）其它微（wēi）生物间的亲缘（yuán）关系（xì），用系统发育（yù）树直（zhí）观的表示（shì）出来。下面是具体的步骤：
首先准备你将（jiāng）要建树的序列，可以（yǐ）将你的序列在NCBI上进行Blast查（chá）找（zhǎo）出（chū）相近的序列，下载下来，可以都放（fàng）到一个（gè）Text文件中（都（dōu）是fasta格式）。（以下是具体（tǐ）步骤，黑体为软件选项）
打开MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是蛋白质则选择（zé）Protein）（这就打开了一个序列（liè）比（bǐ）对的新窗（chuāng）口）——Edit——Insert sequence from file（选择你已经存储序列的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（参数不需多改，直（zhí）接（jiē）点（diǎn）击OK）——等待（dài）比对（比对结（jié）果相同的碱基会在（zài）同一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然后就可（kě）以回到主界面进行系统（tǒng）发育树的构（gòu）建）——Phylogeny（可以（yǐ）选择构建树的方法，一般是邻（lín）接法neighbor-joining和最大简约法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（这里选择（zé）构建邻接树，会出（chū）现一个窗口）——在Test of phylogeny 选（xuǎn）择Bootstrap method 并设定（dìng）其值为1000——compute——这样（yàng）树就（jiù）建好了，在树的生成界面可以对其形状大（dà）小等进行调节。
生物系统发育树的（de）图形化显示软件着重研究系（xì）统发育树（进化（huà）树）的（de）描述方法、进化树（shù）表示的Newick格式（一种（zhǒng）嵌套结（jié）构的文本（běn））、运用（yòng）栈（zhàn）的数据（jù）结构与算法于（yú）自动解析文本描述的进化（huà）树拓扑结构、以及进化树的图形编程实现（xiàn）技术等。
